Allerneueste Forschungen zeigen immer deutlicher, dass das Mikrobiom (des Darmes, aber auch von Mundhöhle und Lungen) einen großen Einfluß auf den Verlauf einer Covid-19-Erkrankung und von Infektionskrankheiten der Atemwege haben kann. Die komplexen gegenseitigen Wechselwirkungen zwischen der Microbiota und den Verzehrten Lebensmitteln, deren Inhaltsstoffen, Metaboliten der Inhaltssoffe sowie anderer eingenommener Substanzen (Arzneimittel, Vitamine, Nahrungsergänzungsmittel usw.) ist schon unüberschaubar. Dazu kommen dann aber weitere Wechselwirkungen mit den Microbiota des Mundraumes, der Darm-Lungen-Achse und sogar der Darm-Hirn-Achse. Eigentlich viel zu komplex, um etwas zu verstehen. Trozdem gibt es glücklicherweise kluge Leute, die sich daran machen die Zusammenhänge aufzudecken und ihre Bedeutung einzuordnen. Die Methoden, die dazu eingesetzt wereden (müssen) werden auch immer komplizierter. Es ist erstaunlich, was dabei alles entdeckt wird. Obwohl das Gebiet bezüglich Covid-19 noch sehr  jung ist, wurde doch schon eine Menge wichtiger Zusammenhänge gefunden, die teilweise noch etwas unsicher sind aber durchaus bereits jetzt genutzt werden könnten, um das Risiko schwerer Krankheits-Verläufe zu verkleinern. Zweifellos ist ein ganz wesentlicher Punkt die Ernährung. Sie hat allergrößten Einfluß auf die Microbiota des Magen-Darm-Systems. Die direkten Auswirkungen der Ernährung bei Covid-19 werden aber auf einer eigenen Seite dargestellt (siehe Link. Ernährung).

Ein günstige Mikrobiom (hier gemeint: Microbiota des Darmes) zeichnet sich durch folgende Eigenschaften und Bewohner aus:

• Große Arten-Vielfalt
• viele Vertreter und eine hohe Teilnehmerzahl mit metabolisch günstigen/erwünschten Eigenschaften aus Sicht des Wirtes
• Bisher identifizierte Gattungen/Arten:
• Milchsäurebakterien: Laktobazillen wie z.B.: Lactobacillus gasseri, Streptokokken, Enterokokken, Laktokokken und Bifidobakterien wie z.B.: Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, B. animalis
• Bacillus spp,
• Faecalibacterium, Faecalibacterium prausnitzii
• Escherichia coli,
• Akkermansia muciniphila
• Alistipes spp
• Barnesiella
• Ruminococcus
• Agathobacter,
• Coprococcus,
• Lachnospiraceae,
• Christensenellaceae
• Parabacteroides merdae,
• Bacteroides stercoris,
• Alistipes onderdonkii,
• Lachnospiracea Bakterium
• Ruminococcus
• Subdolingranulum
• bestimmte Hefen wie Saccharomyces spp;
• Niedrige Anzahl von Pathobionten bzw. Arten mit negativen Eigenschaften für den Wirt (z.B: Produktion von Enzündungs-Mediatoren)
• Bisher identifizierte Arten oder Genera:
• Enterococcus,
• Streptococcus,
• Bacterioides
• Enterobacterioaceae
• Dorea
• Eggerthella,
• Lachnoclostridium,
• Erysipelatoclostridium, 
• Flavonifractor
• Coprobacillus spp.,
• Clostridium ramosum
• Clostridium hathewayi
• Rothia,
• Veilonella
• Actinomyces
• Collinsella aerofaciens,
• Collinsella tanakaei,
• Streptococcus infantis
• Morganella morganii
• Lachnospriaceae

Wenn die selben Namen auftauchen unter den postiv und unter den negativ bewerteten Gattungen, dann muss das kein Widerspruch sein, weil es in diesen Gattungen sowohl Arten mit positiven wie auch andere Arten mit negativen Eigenschaften (für den Wirt) geben kann.

Bei einem ungünstigen Mikrobiom ist die Anzahl der verschiedenen Arten/Gattungen deutlich kleiner und die Zahl der der Pathobionten erhöht bei gleichzeitiger reduzierter Zahl der günstigen Arten/Gattungen.

Welche Arten im Mikrobiom vorkommen und in welchen Mengen-Verhältnissen, das hängt ganz wesentlich von der Ernährung ab, entwickelt sich über größere Zeiträume und beginnt mit der Geburt, bei der der Säugling beim Durchgang durch den Geburtskanal mit den Microbioca der Mutter "geimpft" wird. Sowohl die Haut, als auch Mund und Darm-Microbiota stammen zunächst von der Mutter. Welche Bakterien sich dann später besser halten und vermehren und welche nicht hängt von ihrem "Futter" ab, das sie bekommen oder nicht bekommen. Ohne geeignetes Futter sterben die betreffenden Keime aus. Bei großem Futter-Angebot findet entsprechende Vermehrung statt. Es ist aber noch viel komplizierter: Die einzelnen Bakterien produzieren bestimmte chemische Substanzen, die ander Bakterien im Wachstum oder am Leben behindern oder diesen als Nahrung dienen können. So agieren aso tausende unterschiedlicher Organismen miteinender und konkurrieren um ihr Futter und ihren "Wohnsitz". Je nach Speiseplan des Wirtes werden also unterschiedliche Bakterien gefördert oder unterdrückt. Günstig ist eine Ernährung, die sehr abwechslungsreich alles mögliche bietet. Bevorzugt pflanzliches und wenig tierisches. Die Bandbreite an unterschiedlichen Inhaltsstoffen mit unterschiedlichen Auswirkungen auf die Microbiota ist bei pflanzlichen Lebensmitteln sehr viel größer als bei tierischen. Alleine die riesige Vielfalt an Polyphenolen, Flavonoiden, ätherischen Ölen, Bitterstoffe, Gerbstoffen, u.v.a. schätzt man auf mehr als 50.000. Alle diese Stoffe können auch wieder auf bestimmte Bakterien-Arten fördernd oder hemmend einwirken oder wieder deren "Futter" sein.

Das Mikrobiom kann folgende Einflüsse auf andere Organe des Wirtes haben:

• Unterstützung vieler Funktionen des Immun-Systems auch in entfernten Organen, wie Lunge, Gehirn, Leber usw.
• Bestimmte Gene in anderen Organen und Geweben können in ihrer Aktivität hoch oder herunter reguliert werden.
• Damit können dann z.B. Entzündungsreaktionen verstärkt oder abgemildert werden.
• Konkrete Immunzellen können aktiviert oder gebremst werden.
• Die Oberste Zellschicht des Darmes wird durch die günstigen Arten geschützt, durch die ungünstige beschädigt. Bei Schädigung können Lücken entstehen, durch die dann Giftstoffe und sogar ganze Bakterien durchwandern und ins Blut gelangen können.
• Krankheiten wie z.B. Diabetes, Übergewicht und Bluthochdruck, sogar Depression können durch die Microbiota günstig oder auch negativ beeinflusst werden.
• Bezogen auf COVID-19 scheinen im Wesentlichen die Wirkungen auf das Immun-System hervorzustechen: sehr differenzierte und unterschiedliche Einflüsse auch in anderen Organen wie der Lunge, die die komplizierte Balance des Systems fördern oder stören.

In mehreren Studien hat man gefunden, dass in COVID-19 Patienten, die schwere Verläufe hatten und/oder gestorben sind eine andere, ungünstigere Microbiota vorlag als in den Fällen, in denen die Patienten sich wieder erholten. Noch auffälliger war der Unterschied zu den Microbiota von gesunden Kontroll-Personen.

In Studien hat man gefunden, dass die Gabe von Probiotika und/oder Präbiotika den Verlauf folgender Krankheiten verbessert wurde: Lungenentzündung und andere Infektionen der oberen und der unteren Atemwege, entzündliche Darmkrankheiten, sogar bei Diabetes und Adipositas.

Aufgrund der bisherigen Studien deutet alles darauf hin, dass das Mikrobiom einen sehr bedeutenden Einfluss hat auf die Schwere des Krankheits-Verlauf bei COVID-19. Es wurde ein signifikanter Zusammenhang zwischen dem Schweregrad der Erkrankung und der relativen Abundanz (Populations-Dichte, Häufigkeit) von Bifidobacterium beobachtet; Patienten mit einem schwereren Verlauf der Virusinfektion wiesen eine geringere Abundanz von Bifidobacterium auf. Die Häufigkeit der Gattung Faecalibacterium und der Spezies Faecalibacterium prausnitzii war ebenfalls umgekehrt assoziiert mit der SARS-CoV-2-Positivität und dem Schweregrad der SARS-CoV-2-Infektion in dieser Analyse. Alter und Diabetes sind Risikofaktoren für eine SARS-CoV-2-Infektion, und die Faecalibacterium prausnitzii-Spiegel nehmen in älteren und diabetischen Bevölkerungsgruppen deutlich ab. Tatsächlich gilt Faecalibacterium-Menge als indirekter "Indikator" für den allgemeinen Gesundheitszustand des Menschen. Interessant ist die Feststellung, dass auch die Infektions-Wahrscheinlichkeit beim Umgang mit SARS-CoV-2 -positiven Personen deutlich mit der Menge bzw. dem Fehlen von Bifidobakterien und Faecalibacterien bzw. einem günstigen oder ungünstigen Mikrobiom zusammenhängt.